Los problemas y dificultades a las que se presentan los migrantes en estos largos viajes son enormes. Ante todo están los obstáculos geográfico que atraviesan el recorrido de la línea de migración norte-sur.
-Tres cordilleras principales crean una barrera de entorno hostil de cientos de kilómetros. Loa Pirineos; los Alpes y el Cáucaso.
-Cuatro masas de agua obligan a un viaje sin parada que dificulta el paso de las aves planeadoras: los mares Mediterráneo; Negro, Báltico y Cáspio.
-Vastos desiertos apenas salpicados de oasis privan a las aves de refugio y alimento durante muchos kilómetros: Sahara y Gobi. Atravesar el Sahara con sus dos mil kilómetros de anchura supone para muchas especies un vuelo continuo de 60 a 70 horas.
Además de los obstáculos físicos mencionados, los migrantes deben enfrentarse a otros riesgos naturales.
-Factores adversos del medio natural, como la llegada súbita de un frente de aire frío, pueden detener el viaje y llevar a la muerte a muchos pajarillos.
-Factores meteorológicos como la niebla, las nubes densas, las tormentas o los vientos pueden detener a las aves, o desorientarlas y dispersarlas en mitad de la travesía por un medio hostil con evidentes y fatales consecuencias.
-El flujo de migrantes durante ciertas épocas del año proporciona a algunas rapaces una fuente contínua de alimentos. El Halcón de Eleonor -Falco eleonare-, y el Halcón Ceniciento -Falco concolor- son dos ejemplos. El primero es una de las pocas especies que crían en otoño con el fin de alimentar a sus crías con los migrantes que vuelven de sus cuarteles de cría en Europa.
Recientemente el ser humano ha añadido factores de riesgos a este viaje; los biotopos apropiados para muchas especies se han visto reducidos en muchas zonas de Europa durante el siglo XIX y principios de XX, debido a la urbanización y al desarrollo agrícola. Los cables de alta tensión constituyen una trampa mortal para grandes migradoras como la Cigüeña -Ciconia ciconia- y el Cormorán Grande -Phalacrocorax carbo-. El 30% de las cigüeñas alemanas en su primer año de vida mueren electrocutadas en estos cables. Los faros marítimos ejercen una fatal atracción sobre las nuevas migradoras; durante una noche, solo en un faro de Helgoland -en el mar del Norte- murieron estrelladas cerca de 1.500 alondras.
La transformación del medio natural a través de la agricultura en África, a acondicionado a una progresiva desertización de las sabanas a causa de la sobre explotación del suelo, que ha agravado los problemas derivados de los periodos de sequía.
Resulta difícil para las aves encontrar comida en época de lluvias escasa. Si carecen de la suficiente reserva de grasa para enfrentarse al viaje, las aves pueden verse obligadas a permanecer en África durante el verano o arriesgarse a perecer durante el trayecto a través de las grandes barreras de arena de este continente. El descenso de las poblaciones de colirrojos -Phoenicurus phoenicurus-, y curruca zarcera -Silvia cominus- parece atribuíble a las desastrosas condiciones ambientales en el Sahel.
Cada vez es mayor el uso de pesticidas en África e incluso avicidas, empleados para matar aves granívoras como el quelea -Quelea quelea-, o la tórtola -Strepcolea senegaliensis-, pero que causan la muerte de otras aves migradoras que comparten su hábitat, como la lavandera boyera -Motacilla flava-. El efecto acumulativo de los pesticidas, a través de aves y mamíferos pequeños, causa también la muerte de las aves de presa, como en Egipto, donde el descenso de las poblaciones de rapaces parece atribuible al uso de pesticidas en los campos de algodón.
Otras aves migradoras como las currucas y los zorzales, se ven también afectados por la disminución de insectos a causa del empleo de insecticidas; las plagas de langostas, por ejemplo, son cada vez menos frecuentes y esto ha repercutido en las poblaciones de cigüeña blanca y cernícalo primilla -Falco naumanni-. Los pesticidas no sólo afectan a las aves, sino que en última instancia resultan peligrosos para el hombre.
La puesta en cultivo de ámplias zonas húmedas desecadas a lo largo de la costa norteafricana y el Sahel, y la esquilmación de los recursos hídricos con destino al cultivo de regadío y la producción de electricidad, afecta directamente a las miles de aves migradoras que encontraban en estos ambientes alimento en abundancia y refugio seguro. Por otra parte las zonas húmedas mantienen a menudo recursos piscícolas de importancia para la industria pesquera local que se pierden , no sólo para las aves sino para el mismo hombre.
También la caza ilegal constituye un problema para las aves migradoras, sobre todo en la cuenca mediterránea, donde se cazan millones de aves al año.
Hace ochenta años existían razones económicas que forzaban la caza de aves como fuente adicional de proteínas, pero hoy día, esta actividad se practica fundamentalmente como diversión. Esta matanza sin sentido causa un tremendo impacto en las poblaciones de aves y viola flagrantemente las leyes nacionales e internacionales que protegen a las aves. Las leyes sólo resultan efectivas si se vigila su aplicación y gozan de un fuerte apoyo popular.
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